1、瘢痕性脱发的病因主要是毛囊的丢失，毛囊被结缔组织取代引起的瘢痕。而斑秃主要是以免疫、精神因素和炎症引起的毛囊暂时性丢失。
2、瘢痕性脱发的头皮没有毛囊出现，同时其边缘形态不规则，头皮的弹性和质地均明显的下降。而斑秃的头皮是正常的，可以看到正常的毛囊开口，边缘的毛发也可以出现牵拉试验的阳性。
3、皮肤镜下瘢痕性脱发毛囊口是闭合的，同时头皮的纹理是增粗的。而斑秃毛囊口是正常的，可以看到黄点征、黑点征、锥形发。
4、病理上瘢痕性脱发毛囊丢失，汗腺、皮脂腺减少，头皮厚度明显明下降，在真皮的浅层可出现纤维化。而斑秃早期可以看到毛囊、毛球，周围的蜂巢样的淋巴细胞的浸润；后期可以看到毛发再生，同时毛囊周围的淋巴细胞明显减少。
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